หลักฐานทางพันธุกรรมจากมัมมี่จากห้องใต้ดินของโบสถ์ในเมือง Vác ประเทศฮังการี
ชี้ให้เห็นว่าผู้ที่ตกเป็นเหยื่อวัณโรคมักจับสล็อตเว็บตรงไม่ผ่านเอเย่นต์ไม่มีขั้นต่ำแบคทีเรียที่เป็นสาเหตุของโรค ได้มากกว่าหนึ่งสายพันธุ์ นักวิจัยรายงานในวันที่ 7 เมษายนในNature Communications
ในศตวรรษที่ 18 วัณโรคเป็นฆาตกรที่แพร่ระบาดมากกว่าที่เป็นอยู่ในปัจจุบัน ประมาณครึ่งหนึ่งของศพมัมมี่ตามธรรมชาติมากกว่า 200 ศพที่ฝังศพใต้ถุนโบสถ์ได้รับการทดสอบในเชิงบวกสำหรับวัณโรค นักวิจัยมุ่งเป้าไปที่มัมมี่ 26 ตัวเพื่อสุ่มตัวอย่าง การหาลำดับพบว่ามัมมี่มีสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน 12 สายพันธุ์ และส่วนใหญ่มีสายพันธุ์มากกว่าหนึ่งสายพันธุ์
ทุกสายพันธุ์เป็นของสายเลือดที่พบมากที่สุดสายหนึ่งที่พบในยุโรปและอเมริกาในปัจจุบัน งานชิ้นนี้ชี้ให้เห็นว่าการสืบเชื้อสายมาจากสมัยโรมัน
ผู้เล่นคนสำคัญ
นักวิทยาศาสตร์ต้องการทำความเข้าใจการมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างจีโนมและโปรตีโอม เพิ่มในเมตาบอลิซึม ในการทำให้สิ่งต่างๆ ซับซ้อนขึ้น มีอี พิจีโนม ซึ่งเป็นการ ดัดแปลงทางเคมีของ DNA ที่ช่วยควบคุมว่ายีนใดจะถูกเปิดและปิด และ ทรานสคริปโทม ซึ่งเป็น RNAทุกช่วงที่แปลพิมพ์เขียวของ DNA เพื่อนำไปใช้สร้างโปรตีน ไม่น่าแปลกใจเลยที่การทำแผนที่เครือข่ายที่ครอบคลุมสำหรับสิ่งมีชีวิตใด ๆ ยังคงเป็นเป้าหมายที่ห่างไกล
สำหรับตอนนี้ นักวิทยาศาสตร์มักจะเน้นการศึกษาแบบ multi-omic เกี่ยวกับโรคหรือคำถามเฉพาะ บาลิกาต้องการเรียนรู้ว่าวัณโรค ซึ่งคร่าชีวิตผู้คนเกือบ 10 ล้านคนต่อปีและคร่าชีวิตผู้คนไป 1.5 ล้านคนได้อย่างไร – หลบเลี่ยงยาเสพติดภายในร่างกาย แบคทีเรีย TB หลายสายพันธุ์ดื้อต่อการรักษาที่มีอยู่หรือสามารถทนต่อการรักษาได้นานพอที่จะตั้งหลักได้
เพื่อเรียนรู้ว่าMycobacterium tuberculosisสามารถป้องกันยาได้อย่างไร ขั้นแรก Baliga จึงต้องมองหาแบคทีเรีย โดยระบุยีน โปรตีน และโมเลกุลอื่นๆ ที่มีปฏิสัมพันธ์เมื่อจุลินทรีย์แพร่เชื้อไปยังโฮสต์
เขารวบรวมข้อมูลประเภทต่าง ๆ ของ omic จากM. tuberculosisเพียงอย่างเดียวและเมื่ออยู่ในที่ที่มียาปฏิชีวนะ ทีมงานของเขาเพิ่งมุ่งเน้นไปที่การตอบสนองของจุลินทรีย์ต่อเบดาควิลีน ซึ่งเป็นยาที่ใช้รักษาวัณโรคที่ดื้อยาหลายชนิด บาลิกาวัดทรานสคริปโทมของจุลชีพต่อหน้าเบดาควิลีนขนาดต่าง ๆ และในเวลาที่ต่างกันหลังจากแนะนำยา
จากการถ่ายโอนข้อมูลขนาดยักษ์นี้ โมเดลคอมพิวเตอร์ช่วยให้โฟกัสแคบลงเหลือแค่กลุ่มยีน โปรตีน และโมเลกุลอื่นๆ ที่เปลี่ยนแปลงภายใต้เงื่อนไขบางประการ โปรแกรมการแสดงภาพได้เปลี่ยนผลลัพธ์ทางคณิตศาสตร์เหล่านี้เป็นแผนที่ที่นักวิทยาศาสตร์สามารถวิเคราะห์ได้
ทีมของ Baligaรายงานเมื่อเดือนสิงหาคมที่ผ่าน มาว่า ยีนประมาณ 1,100 ตัวมีพฤติกรรมแตกต่างกันเมื่อมีเบดา ควิลี น การวัดค่า RNA บ่งชี้ว่ายีนเหล่านี้ส่วนใหญ่มีการเคลื่อนไหวน้อยลง แต่มีบางส่วนที่เปลี่ยนไปเป็นโอเวอร์ไดรฟ์ นักวิจัยสงสัยว่ายีนซึ่งกระทำมากกว่าปกเหล่านี้อาจอยู่เบื้องหลังการต่อต้าน – เล่นกันเพื่อสร้างเครือข่ายที่เล็กกว่าภายในเครือข่ายการตอบสนองของวัณโรคที่ใหญ่ขึ้น
แต่การวิเคราะห์ทางสถิติเพียงอย่างเดียวไม่เพียงพอที่จะยืนยันลางสังหรณ์ ความสัมพันธ์ไม่ใช่สาเหตุ Fiehn ชี้ให้เห็น นักวิทยาศาสตร์จำเป็นต้องค้นหาว่าการเปลี่ยนแปลงใดมีความสำคัญจริงๆ
นั่นคือ หากคุณกำลังสแกนจุดข้อมูลหลายล้านจุดเพื่อค้นหาความผันแปร คุณจะพบความผิดปกติบางอย่างที่เกิดจากโอกาสและไม่เกี่ยวข้องกับโรคหรือ
คำถามที่อยู่ในมือ แต่เริ่มจากชุดข้อมูลที่มีขนาดเล็กกว่าของผลลัพธ์ที่เปลี่ยนแปลง นักวิทยาศาสตร์สามารถทดสอบว่าผู้เล่นคนใดมีความสำคัญจริงๆ ในเครือข่ายและผู้เล่นรายใดอยู่ข้างสนาม ในแบบจำลองสัตว์หรือจานเพาะเชื้อ นักวิทยาศาสตร์ปิดใช้งานยีนครั้งละหนึ่งยีนเพื่อดูว่ายีนส่งผลต่อเครือข่ายที่เสนออย่างไร
“ชีววิทยาของระบบสามารถสร้างสมมติฐานที่น่าทึ่งเหล่านี้ได้เกี่ยวกับการโต้ตอบของยีน” บาลิกากล่าว การทดสอบพวกมันในอดีตนั้นท้าทายกว่า แต่ตอนนี้ เทคโนโลยีการแก้ไขยีน เช่น CRISPR/Cas9 ( SN: 9/3/16, p. 22 ) ช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถทดสอบเครือข่ายเหล่านี้ในระบบที่มีชีวิตได้ง่ายขึ้น
บาลิกาและทีมของเขาแก้ไขจีโนมของเอ็ม วัณโรคโดยปิดการใช้งานกลไกควบคุมที่รับผิดชอบยีนที่โอ้อวดบางตัว นักวิจัยรายงานว่ายาทำงานได้ดีขึ้นกับแบคทีเรียดัดแปลงสล็อตเว็บตรงไม่ผ่านเอเย่นต์ไม่มีขั้นต่ำ
